In passato ha disputato 13 campionati di Serie C2 (dal 1987 al 2000). Nella stagione 2005/06 ha vinto il Campionato di Eccellenza sardo ed è stata promossa in Serie D (campionato che non disputava da 3 anni), dopodiché ha ottenuto la promozione in C2 la stagione successiva vincendo il girone B.
La squadra nella stagione 2006-07 è stata guidata dal tecnico emergente Ninni Corda, nuorese poco più che trentenne, ma con l'attivo già vari successi a livello giovanile tra cui spicca la vittoria nel campionato giovanissimi nazionali nel 2001 alla guida del Cagliari. Nella campagna acquisti 2005/06 spiccano gli arrivi del portiere Filippo Zani (ex Sassari Torres) e dell'ex giocatore del Bari Roberto Cau.
Nonostante l'obiettivo fosse quello di un campionato tranquillo senza patemi, nel 2007 la squadra ha vinto il campionato nazionale di serie D, conquistando la promozione in serie C2 e vendicando la beffa del Giugno 2000 quando al "Manconi" il Sora con un goal assai dubbio spedì i galluresi in D. Nella finale contro la Sangiuseppese svoltasi allo stadio comunale di Città Sant'Angelo (PE) la squadra sarda si è imposta con un netto 4-1 ed ha così conquistato anche lo scudetto di Serie D. In semifinale aveva eliminato la Scafatese: 3-2 a Scafati e 2-0 in casa.
Il 19 luglio 2007 la Co.vi.soc esclude la squadra dal campionato di Serie C2, la società è così costretta a ripartire da una categoria inferiore all'Eccellenza Regionale perché anche i ricorsi presentati all'arbitrato del Coni, al TAR del Lazio e al Consiglio di Stato sono falliti. Il 27 agosto la FIGC Sardegna iscrive la società in I° Categoria. Ne nasce un violento scontro tra amministrazione comunale e dirigenza che porta la società a dover disputare le gare interne a Torpè visto il divieto di utilizzo delle varie strutture calcistiche cittadine. L'11 novembre è tornata a giocare le gare interne al Manconi, dopo che la squadra del Pausania è stata portata in blocco al Tempio e ha vinto il campionato . A Settembre 2008 viene decretato il fallimento della storica Unione Sportive Tempio; ed una nuova società con la denominazione inizialmente di A.S.D. Polisportiva Limbara e successivamente di A.S.D. S.E.F. Tempio Pausania (da novembre 2008) viene ammessa nel Girone D di Prima Categoria Sarda.
Vinto il proprio girone, i galletti ben figurano anche in Promozione, tentando l'assalto al massimo campionato regionale per tre anni di seguito ma senza riuscire ad approdarvi anche a causa di una catena di eventi sfortunati: prima la contesa del titolo con altre nobili decadute quali Nuorese e Alghero che avevano costruito delle autentiche corazzate, poi penalizzazioni e peripezie con la giustizia sportiva sembravano destinare la piazza a non andare oltre. Il 10 Agosto, al termine della stagione 2011-12, arriva però la notizia del ripescaggio per la S.E.F. Tempio grazie alla rinuncia di Atletico Elmas e Tavolara; la compagine azzurra disputerà così il campionato di Eccellenza Regionale per la stagione 2012-2013.
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